Draft digital Tree of Life

Puluhan ribu pohon kecil telah diterbitkan selama bertahun-tahun untuk cabang pohon kehidupan , mengandung 100.000 spesies , tapi ini adalah pertama kalinya hasil tersebut telah digabungkan menjadi satu pohon yang mencakup semua kehidupan.

Sebuah draft pertama dari “pohon kehidupan” untuk sekitar 2,3 juta spesies bernama hewan, tumbuhan, jamur dan mikroba dari platypuses ke puffballs telah dirilis.

Sebuah upaya kolaborasi antar lembaga, pohon menggambarkan hubungan antara makhluk hidup karena mereka menyimpang dari satu sama lain dari waktu ke waktu, menelusuri kembali ke awal kehidupan di Bumi lebih dari 3,5 miliar tahun yang lalu.

Hasil akhirnya adalah sumber daya digital yang tersedia online gratis bagi siapa saja untuk menggunakan atau mengedit, seperti sebuah “Wikipedia” untuk pohon evolusi.

“Ini adalah upaya nyata pertama untuk menghubungkan titik-titik dan menempatkan semuanya bersama-sama”, kata peneliti utama Karen Cranston dari Duke University. “Anggap saja sebagai Versi 1.0”.

draft-tree-of-life

Versi saat ini dari pohon bersama dengan data yang mendasari dan kode sumber tersedia untuk browsing dan didownload di https://tree.opentreeoflife.org. Jurnal diterbitkan secara online di Proceedings of the National Academy of Sciences pada 18 September ini terbuka bagi siapa saja untuk mengakses dan mengedit, seperti wikipedia.

Pohon evolusi diagram bercabang yang sering terlihat seperti persilangan. Memahami bagaimana jutaan spesies di Bumi yang terkait satu sama lain membantu para ilmuwan menemukan obat baru, meningkatkan tanaman dan ternak hasil, dan melacak asal-usul dan penyebaran penyakit menular seperti HIV, Ebola dan influenza.

Daripada membangun pohon kehidupan dari awal, para peneliti bersama-sama dengan menyusun ribuan potongan kecil yang sudah diterbitkan secara online dan menggabungkan mereka bersama-sama menjadi raksasa “supertree” yang mencakup semua spesies bernama.

Draft awal didasarkan pada hampir 500 pohon lebih kecil dari studi yang diterbitkan sebelumnya.

Untuk memetakan pohon dari sumber yang berbeda ke cabang dan ranting dari supertree tunggal, salah satu tantangan terbesar adalah hanya akuntansi untuk perubahan nama, nama alternatif, salah eja umum dan singkatan untuk setiap spesies. Kelelawar merah timur, misalnya sering terdaftar di bawah dua nama ilmiah, Lasiurus borealis dan Nycteris borealis. Pemakan semut berduri pernah berbagi nama ilmiah mereka dengan sekelompok belut.

“Meskipun usaha besar dalam dirinya sendiri, rancangan pohon kehidupan merupakan hanya langkah pertama”, tulis para peneliti.

Sebuah survei lebih dari 7.500 studi filogenetik diterbitkan antara tahun 2000 dan 2012 di lebih dari 100 jurnal menemukan bahwa hanya satu dari enam studi telah menyimpan data mereka dalam digital, format download untuk peneliti bisa gunakan.

Sebagian besar pohon evolusi diterbitkan sebagai PDF dan file gambar lainnya yang tidak mungkin untuk masuk ke dalam database atau menggabungkan dengan pohon-pohon lainnya.

“Ada kesenjangan yang cukup besar antara jumlah apa yang para ilmuwan tahu tentang bagaimana makhluk hidup yang terkait dan apa sebenarnya yang tersedia secara digital”, kata Cranston.

Bagian lain dari pohon, terutama serangga dan mikroba, tetap sulit dipahami.

Itu karena bahkan arsip online paling populer dari urutan genetik mentah yang banyak pohon evolusi yang dibangun berisi data DNA kurang dari lima persen dari puluhan juta spesies yang diperkirakan ada di Bumi.

“Sama pentingnya dengan menunjukkan apa yang kita tahu tentang hubungan, pohon pertama juga penting dalam mengungkap apa yang kita tidak tahu,” kata rekan penulis Douglas Soltis dari University of Florida.

Untuk membantu mengisi kekosongan, tim ini juga mengembangkan perangkat lunak yang akan memungkinkan para peneliti untuk log in dan memperbarui dan merevisi pohon sebagai data baru untuk jutaan spesies masih bernama atau ditemukan.

“Ini tidak berarti selesai”, kata Cranston. “Ini sangat penting untuk berbagi data untuk yang sudah diterbitkan dan baru menerbitkan karyanya”.

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *

This site uses Akismet to reduce spam. Learn how your comment data is processed.